Slovenský raj je územie so svojráznymi typmi živočíšnych spoločenstiev a s typickou faunou centrálnej časti Západných Karpát. Z hľadiska zoologického má mimoriadny význam pre zachovanie pôvodnej typickej fauny Karpát i pre zachovanie mnohých endemitov a významných živočíšnych druhov, akými sú napr. veľké šelmy - existenčne najviac ohrozenej skupiny živočíchov.

NP Slovenský raj bol oddávna pre svoju neprístupnosť a výhodné podmienky útočiskom i ďalšej ohrozenej skupiny živočíchov - dravých vtákov. Dôkazom, že kedysi bol ich výskyt hojný sú nielen historické údaje, ale aj miestne názvy lokalít, odvodené od výskytu týchto druhov - Sokolia dolina, Veľký a Malý Sokol, Sokolie skaly, atď.

Na území Národného parku Slovenský raj sa vytvorili dva výrazne odlišné typy spoločenstiev. Charakteristickým a prevládajúcim typom sú spoločenstvá planín, skalnatých brál a tiesňav. Druhým, výrazne odlišným typom spoločenstva, sú spoločenstvá lesnatých vrchov v juhovýchodnej časti územia.

Druhové zastúpenie živočíchov planín, skalnatých brál a tiesňav je veľmi pestré, podmienené nielen geologickým podkladom s pestrou vegetáciou, ale i značnou horizontálnou a vertikálnou členitosťou terénu. Zo šeliem sa tu vzácne vyskytujú Medveď hnedý, Rys ostrovid a Mačka divá. Významným druhom žijúcim na skalných bralách je Kamzík vrchovský. Priamo na turistických chodníkoch možno stretnúť Vevericu obyčajnú, vzácnejšiu Kunu hôrnu alebo Kunu skalnú. V lesoch je hojne zastúpená jelenia, srnčia a diviačia zver.

Z dravých vtákov sa tu vyskytuje Myšiak hôrny a Sokol myšiar, zriedka i Orol skalný, Orol krikľavý, Jastrab veľký a Jastrab krahulec. Zo vzácnejších druhov vtákov tu hniezdi Bocian čierny, Výr skalný, Pôtik kapcavý, Orešnica perlavá, Drozd kolohrivý, Ďubník trojprstý, ale i Hlucháň obyčajný a Jariabok hôrny. K charakteristickým vtákom oživujúcim tiesňavy patrí Krkavec čierny.

Bohaté je druhové zastúpenie spevavcov. Z nich najhojnejšími a takmer všade prítomnými sú Pinka obyčajná, Kolibiarik čipčavý, Kolibiarik sykavý, Sýkorka uhliarka, Sýkorka čiernohlavá, Oriešok obyčajný, Červienka obyčajná, Hýľ obyčajný, Kôrovník dlhoprstý a ďalší.

V spoločenstvách vodných tokov, riek a horských potokov sa tu vzácne vyskytuje Vydra riečna. Pri vode bežne stretneme i Vodnára obyčajného, Trasochvosta horského, Trasochvosta bieleho a vzácnejšie Rybárika obyčajného. Z rýb žije v Hornáde napr. Pstruh potočný, Lipeň obyčajný, Mrena obyčajná, Jalec hlavatý, Hlaváč pásoplutvý a ďalšie. Obyvateľmi Hnilca sú napr. Pstruh potočný, Pstruh dúhový, Lipeň obyčajný a ďalšie.

Z plazov tu môžeme stretnúť najčastejšie Užovku obyčajnú, Vretenicu obyčajnú, Slepúcha lámavého, Jaštericu živorodú, Jaštericu obyčajnú a z obojživelníkov Salamandru škvrnitú, Skokana hnedého a Ropuchu obyčajnú.

Neobyčajne bohaté je druhové zastúpenie bezstavovcov, napr. motýľov. V Slovenskom raji bolo doposiaľ zistených viac ako 4000 druhov bezstavovcov. Žije tu napríklad vyše 2000 druhov motýľov, z ktorých vyše 30 druhov je chránených a niektoré sa nevyskytujú nikde vo svete. Množstvo endemitov je i medzi dážďovkami, pavúkmi, chrobákmi, dvojkrídlovcami a mäkkýšmi.

Podstatne jednotvárnejšia je fauna v juhovýchodnej časti územia, podmienená prítomnosťou súvislých horských smrečín. Aj tu nachádza útočisko naša najväčšia šelma - Medveď hnedý. K ďalším typickým živočíchom tejto časti územia patria - Hlucháň obyčajný, Jariabok hôrny, Bocian čierny, Sýkorka uhliarka, Sýkorka chochlatá, Králik zlatohlavý, Hýľ obyčajný, Krivonos obyčajný, jelenia a diviačia zver.

V početných jaskyniach Slovenského raja žije viacero druhov netopierov - Netopier fúzatý, Netopier pobrežný, Netopier ostrouchý, Netopier severný, Ucháč svetlý a iné.

Živočíšstvo Slovenského raja je pestré a unikátne, avšak v mnohých prípadoch i veľmi ohrozené a jeho zachovanie si vyžaduje osobitnú ochranu.