Rastlinstvo Slovenského raja patrí do západokarpatskej kveteny. Väčšinu územia pokrývajú lesy (90 %). Najväčšie zastúpenie majú dealpínske bučiny (42 %), stretneme sa tu však i s bukovými jedlinami, jedľovými bučinami, reliktnými borovicovými lesmi a fragmentárne sa tu vyskytujú aj sutinové lesy - jaseňové javoriny.

Rastlinstvo tohto územia je veľmi bohaté a pestré, čo vyplýva jednak zo zemepisnej polohy, klimatických pomerov, ale hlavne z veľmi rozmanitej geologickej a geomorfologickej stavby územia. Vyskytuje sa tu viac ako 900 druhov vyšších rastlín, z ktorých mnohé sú veľmi vzácne a na Slovensku ojedinelé. 25 druhov je chránených úplne a 8 čiastočne. Dôležitý je výskyt karpatských a západokarpatských len tu sa vyskytujúcich druhov (endemitov).

Pôvodne zloženie lesov Slovenského raja je už na mnohých miestach pozmenené, buk a jedľu nahradil smrek. Centrálnu časť územia tvoria ešte málo dotknuté bukové a bukovo - jedľové lesy, kde v podraste dominuje Marinka voňavá, Vtáčia prilba, Ostrica biela, Náprstník veľkokvetý a iné.

Ihličnaté lesy s prevahou smreka sa tiahnu po obvode územia a na dne tiesňav, kde tvoria prirodzené stanovištia. So smrečinami sa stretávame aj vo vrcholových častiach Knoly a Muráňa, kde sprievodným druhom smreka je jarabina a v podraste sa vyskytuje čučoriedka, brusnica, Jastrabík lesný, Podbelica alpínska a ďalšie.

Vápencové bralá, skalnaté svahy a južné hrebene sú domovom reliktných vápencových borín. Ihličnaté stromy predstavuje borovica, z listnatých stromov a krov je zastúpená Mukyňa obyčajná, Tavoľník prostredný, skalník. Porast tu tvorí Ostrievka vápnomilná, Ranostaj pošvatý, Cesnak bledožltý, Poniklec slovenský a ďalšie.

Rastlinná pokrývka kaňonov, tiesňav a úzkych hlbokých dolín má výrazný inverzný charakter. Na ich dne sa nachádzajú horské druhy rastlín, ako je napr. Kortúza Matthiolova, ktorá zvyčajne rastie vo vyšších nadmorských výškach. Dané klimatické podmienky (chlad a vlhkosť) jej vytvárajú dobré predpoklady na existenciu.

Na druhej strane južné výslnné vápencové skaly sú domovom teplomilných druhov. Rastie tam napr. Poniklec slovenský, Horčičník Wittmannov, Hrdobarka horská, Marulka alpínska, Ostrica biela, Púpavec sivý a iné.

Nelesnú vegetáciu, ktorá tvorí iba 10 %, predstavuje rastlinstvo skál a skalnatých štrbín, lúk a pasienkov, mokrých lúk a mokradí a rastlinstvo brehov potokov a riek. Porasty skalnej vegetácie sa uplatňujú predovšetkým na miestach s extrémnymi mikroklimatickými a pôdnymi podmienkami. Na týchto miestach sa stretávame s rôznymi druhmi rozchodníkov, ostricou tuhou a pod.

Lúky a pasienky majú svoje čaro počas celého vegetačného obdobia. Na jar ich sfarbuje do fialova chránený druh - Šafran Heuffelov, trošku neskôr do žlta Prvosienka vyššia. V lete pestrý koberec vytvárajú rôzne druhy zvončekov, vstavačov, ďatelín, ale aj Orlíček obyčajný, Pakost lúčny, Králik biely a iné rastiny. Medzi najzaujímavejšie lúky patria určite Kopanecké lúky, ktoré majú najväčšiu biodiverzitu v Európe - až 75 druhov vyšších cievnatých rastlín/m².

Aj zamokrené lúky a brehy potokov majú svoju charakteristickú vegetáciu. Na jar na nich dominuje Záružlie močiarne, neskoršie, najmä na lokalitách s vápencovým podložím, rastie Prvosienka pomúčená, Ostrica Davallova, Valeriána trojená, Valeriána celolistá a ďalšie mokraďné druhy.